Bioteknologi i Silicon Valley: molekylärbiologer på Stanforduniversitetet datasimulerar bakteriet Mycoplasma genitalium!
Klicka på bilden.
C omputational biology är ett synnerligen hett område här i Silicon Valley just nu.
Dalen har alltid varit ett centrum för bioteknologi och jag har själv en son som jobbar på det i South San Francisco, som är centrum för bioteknologin här i Silicon Valley. Inte att förväxla med södra San Francisco som kallas SoMa. South San Francisco är sin egen stad, tråkig och liten men trots det centrum för västkustens bioteknologi.
Jag har faktiskt även varit i São Francisco do Sul i Santa Catarina i Brasilien, men det är en annan historia.
Eftersom både den mänskliga arvsmassan och datorn använder kodsystem, i det ena fallet DNA och i det andra binärkoden, så är det rätt naturligt att man försöker simulera och manipulera den mänskliga arvsmassan med datorer.
Nu, som John Markoff skriver i New York Times, s̴ har man p̴ Stanford gjort en stort framsteg genom att datasimulera bakteriet Mycoplasma genitalium In First, Software Emulates Lifespan of Entire Organism РNYTimes.com
STANFORD, Calif. — Scientists at Stanford University and the J. Craig Venter Institute have developed the first software simulation of an entire organism, a humble single-cell bacterium that lives in the human genital and respiratory tracts.
The scientists and other experts said the work was a giant step toward developing computerized laboratories that could carry out complete experiments without the need for traditional instruments. For medical researchers and drug designers, cellular models will be able to supplant experiments during the early stages of screening for new compounds.
And for molecular biologists, models that are of sufficient accuracy will yield new understanding of basic biological principles.
Simuleringen av hela livscykel för patogenen Mycoplasma genitalium, med 525 gener, som körs på en kluster av 128 datorer, presenterades på fredagen i tidskriften Cell.
Modellen kan simulera hela livslängden av cellen på molekylär nivå, och visa samverkan mellan 28 grupper av molekyler, inklusive DNA, RNA, proteiner och små molekyler som kallas metaboliter och som genereras av cellprocesser.
Det här gör det möjligt för vetenskapsmännen att övergå från att använda levande exemplar av Mycoplasma genitalium till datorsimuleringar, vilket i sin tur är ett steg på vägen mot att använda datorer för att simulera allt fler livsformer.
Mycoplasma genitalium-bakteriet, med sina 525 gener, är långt mindre komplex än t.ex. den bakterie som används i traditionella laborationer, E. coli, som innehåller 4,288 gener.
En betydligt svårare bakterie att bygga en datormodell av m.a.o.
Det här området kallas Computational Biology och är ett mycket hett område här i Silicon Valley just nu.
För det som undrar så är Silicon Valley inte bara bra på IT utan har även stora satsningar på bioteknologi och på senaste tiden även på solenergi
Pressklipp:
Svenska bloggar om: Mycoplasma genitalium, Datasimulering av bakterier, Vetenskap på Stanford, Bioteknologi i Silicon Valley, Vetenskap i Silicon Valley
